Die größte Besonderheit in der Universalsammlung des Konditormeisters stellt das »Prehn’sche Gemäldekabinett« dar, eine deutschlandweit einzigartige Sammlung von über 800 kleinformatigen Ölbildern.

Dem zeitgenössischen Frankfurter Sammlungsgeschmack entsprechend sind darunter viele niederländische und flämische Gemälde des 17. Jahrhunderts sowie Arbeiten deutscher Künstler des 18. Jahrhunderts. Auch die zeitgenössische Frankfurter Malerei nimmt einen großen Raum ein. Die Qualität ist sehr unterschiedlich: Neben guten oder sogar hervorragenden Werken stehen viele unbedeutende Arbeiten und Kopien.

Prehn arrangierte die Bildchen symmetrisch nach Art einer echten Gemäldegalerie in 32 hölzernen Kästen. Für ein möglichst gleichmäßiges Erscheinungsbild stellte er die vergoldeten Rähmchen aus einer teigartigen Masse selbst her. Zusammengeklappt konnte man die Kästen praktisch in Schränken verstauen. Zum Betrachten – allein oder mit befreundeten Kunstkennern – stellte man den jeweiligen Kasten einfach aufgeklappt auf eine Staffelei.

Nach der Schenkung an die Stadt 1842 durch die Erben Prehns wurde das Kabinett von dem Kunsthistoriker David Passavant katalogisiert und neu arrangiert. Die heutige Anordnung in den 32 Abteilungen ist eine Rekonstruktion des ursprünglichen Zustandes.